两者的联系：相对于审计的客体，政府审计和注册会计师审计均是外部审计，都具有较强的独立性 　　两者的区别： 　　1.审计目标不同 　　政府审计：对被审计单位的财政财务收支或财务收支的真实性、合法性和效益性进行审计。注册会计师审计：对被审计单位财务报表的合法性和公允性进行审计。 　　2.审计标准不同 　　政府审计：依据《审计法》和国家审计准则等进行审计。 　　注册会计师审计:依据《注册会计师法》和注册会计师审计准则等进行审计。 　　3.经费或收入来源不同 　　政府审计：审计经费来源于财政预算，由同级人民政府予以保证。 　　注册会计师审计: 审计收入来源于审计客户，与审计客户协商确定。 　　4.取证权限不同 　　政府审计：审计机关有权就审计事项向有关单位和个人进行调查，有关单位和个人应如实反映并提供相关资料。 　　注册会计师审计: 注册会计师的取证有赖于被审计单位配合和协助，对被审计单位及相关单位没有行政强制力。 　　5.发现问题的处理方式不同 　　政府审计：审计机关审定审计报告，出具审计意见书。对违规行为做出审计处理决定。 　　注册会计师审计: 注册会计师对审计过程发现的错弊，只能提请被审计单位调整和披露，没有行政强制力。如果审计范围受到被审计单位或客观环境限制，注册会计师应视情况出具保留意见或无法表示意见的审计报告。